粘膜の微細な構造の変化や炎症の程度、早期がんといったものを診断するときは、内視鏡検査が適しています。
一方、胃の形や食道の形、大腸の形といった全体の形の異常を診断するとき、憩室といって壁の外側に出っ張りがある場合や、ポリープやがんなどの病変がどのあたりにあるかを調べるときには、バリウム検査は有用です。
ただし、バリウムで見つかるがんは、比較的大きな進行がんが多く、がんの早期発見の為には精度の高い内視鏡検査を選択するとよいでしょう。
内視鏡のメリットは、その場で組織をつまんで細胞診や組織診(生検)ができる点もあります。悪性か、良性かの判断ができます。また、バリウムで所見があった人はその後内視鏡検査を行うのに対して、内視鏡検査で所見があった人が、その後に必ずバリウム検査をするわけではありません。内視鏡検査のほうが、一度の検査で済む可能性は高いでしょう。